WavePad可以无损地执行基本编辑操作（剪切，复制，粘贴，删除，放大，归一化）。
MP3格式本质上是有损的：每次将文件编码为MP3时，都会丢失其某些音频信息。该格式旨在最大限度地减少这种损失的可听度，但如果文件被重复编码和解码，那么累积损失就会变得明显与可听见。若要解决此问题，WavePad可以在“无损MP3编辑”模式下运行，您可以在其中编辑MP3文件，然后保存它而无需重新编码。WavePad使用原始编码音频，对其结构和音量进行更改，无需解码和重新编码。
通过单击“主页”选项卡中的“无损MP3编辑”按钮或使用“工具”菜单>“无损MP3编辑”切换“无损MP3编辑”模式。然后，您就可以照常执行编辑操作了，但请记住下面列出的限制。
无损MP3编辑模式下的所有编辑必须以1152（或有时为576）样本的块进行，或者以典型采样率44100进行约26毫秒（ms）。这是由于MP3格式的性质，MP3的帧将会始终解码为这个固定数量的样本。为简化此操作，无损MP3编辑模式中的选择会捕捉1152个样本边界。如果放大得足够近，则这些边界将变为可见的橙色虚线。
若要无损地保存一个MP3，您只需要再无损MP3编辑模式下保存文件到MP3即可。未经修改音频的任何部分都将被保存而不对其进行重新编码，但修改后的音频部分仍将经历常规的有损编码过程。除了剪切和粘贴边界上一些帧可能会被重新编码之外，被剪切和粘贴的音频仍然可以被无损地保存。
一些MP3文件以小于1152个样本的帧开始和结束。他们通过从文件的开头和结尾删除一些音频来实现这一点。从开头删除的音频称为“编码器延迟”，从末尾删除的音频称为“编码器填充”。为了实现一致的无损编辑，当您进入无损MP3编辑模式时，这些删除的样本会重新添加到文件的开头和结尾；而当您退出无损MP3编辑模式时，它们将再次被删除。
若您在无损MP3编辑模式启动时使用“增强和归一化”功能，他们将会无损地进行工作。他们可以通过更改每个MP3帧的‘全局增益（global_gain）’来完成此操作，而无需重新编码音频数据。需要注意的是，若要使其正常工作，您必须在使用“增强和归一化”之前启用无损MP3编辑模式。另外，如果过度增强音频或将其归一化至100％以上，就可能会导致削波。这是因为在无损MP3编辑模式下， 归一化通常使用的峰值限制是不可能的。