Un proyecto de PhotoPad consiste de un número de capas (tales como imágenes, texto y efectos). Un proyecto nuevo es creado cuando se abre una imagen, o se crea un collage o un panorama.
Se pueden abrir varios proyectos en PhotoPad al mismo tiempo. Cada proyecto abierto se mantiene en el explorador de miniaturas en la parte de abajo de la pantalla, y se puede abrir haciendo clic en la miniatura del proyecto. Cuando suficientes proyectos están abiertos, una barra de desplazamiento aparece debajo de las miniaturas para permitirle que se mueva a la izquierda y a la derecha para ver todos los proyectos.