Le format PDF, malgré toute son utilité et sa lisibilité sur pratiquement n'importe quel support, a quelques limites de taille.

Doxillion va tenter de convertir le contenu de texte, mais dans certains cas, le contenu ne pourra pas être converti de façon satisfaisante en raison des limites du format, qui peuvent varier d'un document à l'autre.

Quelques exemples :

De nombreux logiciels de composition PDF ne conservent pas les espaces, les tabulations, les sauts de ligne et les colonnes. Au lieu de cela, ils stockent les mots ou même les lettres individuellement, ainsi que l'emplacement sur la page où le mot ou la lettre devrait se retrouver.

La plupart des formats de documents stockent un tableau comme un ensemble de cellules de tableau, chacune contenant du texte. Le format PDF stocke des tableaux au lieu de texte devant une image des lignes constituant le tableau.

Certains PDF stockent du texte non sous forme de texte, mais sous forme d'image du texte. (Doxillion n'est pas un produit de reconnaissance optique de caractères et par conséquent doit laisser ceux-ci en tant qu'images.)