Fare clic sul pulsante Aggiungi file per sfogliare e selezionare le immagini che si desidera processare. È possibile selezionare contemporaneamente file multipli tenendo premuto durante la selezione i tasti Maiusc o Ctrl mentre si opera la selezione. Fare clic sul pulsante Aggiungi cartella per selezionare tutte le immagini all'interno di una cartella e le sue sotto-cartelle. Fare clic su Seguente quando sono stati aggiunti tutte le immagini.

Fare clic sul pulsante Aggiungi per scegliere un effetto che sarà applicato a tutte le immagini. Per modificare le impostazioni di un effetto, selezionare l'effetto nell'elenco livello e fare clic sul pulsante Impostazioni . È possibile riordinare i livelli trascinando gli elementi dell'elenco.

Per default PhotoPad salverà i file nello stesso formato in cui sono stati caricati. Se si desidera convertire il formato, selezionare "Converti a formato file" e selezionare l'estensione. Alcuni file (ad es. png o jpeg) dispongono di altre opzioni che è possibile modificare utilizzando il pulsante Opzioni formato. I file vengono solitamente salvati nella stessa cartella da cui erano stati caricati. Questo significa che una volta salvati verranno sovrascritti. In alternativa, è possibile selezionare una cartella diversa su cui salvare i file.