PhotoPad permette che le foto siano modificate in modo non distruttivo, il che significa che una serie di modifiche può essere applicata senza perdere i dati di immagine.
Ad esempio, se si scurisce un'immagine, sezioni dell'immagine possono diventare completamente nere. Dopo l'applicazione di questa modifica, schiarire l'immagine trasformerebbe queste aree nere in una tonalità di grigio, e il dettaglio dell'immagine andrebbe perso. Con l'editing non distruttivo di PhotoPad, i parametri di qualsiasi modifica possono essere modificati in qualsiasi momento dopo l'applicazione della modifica. Quindi, in questo esempio, invece di tentare di schiarire un'immagine scura, la quantità di oscuramento eseguita inizialmente può essere regolata.
Ogni modifica apportata in un progetto di PhotoPad è rappresentata da un effetto livello. è meglio creare solo un livello per ciascun livello effetto necessario. Quando si fanno regolazioni ad una immagine, riutilizzare i livelli effetti già creati invece di crearne nuovi.