WavePad è dotato di numerosi effetti ed esecuzioni audio, nella maggior parte dei casi essi vengono applicati in modo simile, selezionando la posizione in cui si necessita applicarli, scegliendo le impostazioni, eseguendo l'anteprima e applicandoli.
La maggior parte degli effetti si applica solo all'area selezionata. Per contrassegnare la regione selezionata è possibile fare clic e tenere premuto sulla finestra dell'onda e trascinare il mouse o tenere premuto il tasto Maiusc mentre si sposta nel file. Per selezionare l'intero file premere Ctrl+A. Se non è selezionata alcuna regione quando si accede a un effetto, l'intera forma d'onda verrà selezionata come predefinita.
Alcuni effetti sono dotati di una serie di opzioni conosciute come "Impostazioni predefinite". Il concetto di fondo delle impostazioni predefinite è quello di evitare di rovistare tra i numeri, tanto più se non se ne comprende il significato. È invece possibile sfogliare semplicemente l'elenco preimpostato e selezionare l'opzione che descrive al meglio l'effetto che si sta tentando di ottenere.
È possibile ascoltare in anteprima il risultato dell'applicazione di determinati effetti tramite il pulsante riproduci posto nella finestra di dialogo Effetto. Se vengono modificati i parametri degli effetti durante l'anteprima del file, dovreste sentire i cambiamenti in tempo reale. Per fare in modo che questo funzioni in modo corretto, si consiglia di utilizzare ASIO o DrectSound come sistema di riproduzione audio.
Se si dispone di numerosi file che si desidera elaborare nello stesso modo, utilizzare lo strumento Convertitore batch (Strumenti -> Convertitore batch). Specificare l'elenco dei file, l'elenco degli effetti da applicare e WavePad eseguirà l'operazione in un 'batch'. Per maggiori informazioni su questa funzione leggere l'argomento Convertitore batch.