In WavePad è possibile salvare la maggior parte dei formati per ottenere finestre di dialogo in cui configurare le opzioni per un particolare formato. Questa finestra di dialogo è visualizzabile solo dopo essere andati sul menu File -> Salva con nome e quindi aver specificato il formato di output. Le sezioni che seguono illustrano in dettaglio i contenuti delle diverse finestre di dialogo delle impostazioni disponibili in WavePad.Formati, con opzioni configurabili: