メイン画面の右下部にはレイヤー一覧が表示されており、作業中の作品にこれまで行った作業が一目でわかるだけでなく、特定の作業の編集や調整が簡単にできます。

レイヤーとは作品を描く上で行った作業の1つ1つのことで、作画をより効率的に行う為のものです。１つ１つのレイヤーは1枚1枚の透明な紙のようなもので、それを重ねていくことで1枚の絵を描くようなことだとお考え下さい。ツールを使って行った作業（絵を描く、色を塗るなどの作業）は一覧で選択されているレイヤーに行われます。

レイヤー名を変更するにはレイヤー名をクリックし新しい名前を入力します。レイヤー名をクリックしてドラッグすることでレイヤーの順序を変えることもできます。

各レイヤー名の左横の+-ボタンを使ってレイヤー内の要素の表示と非表示を切り替えることができます。レイヤーが開いている際はレイヤー内の各要素をクリックして選択することができます（これにより他の要素の下に隠れている要素を簡単に選択することができます）。一覧で要素をダブルクリックすると、その要素と、その要素の前後の同じ要素が同時に選択されます（例：5つの円を連続して挿入した場合、そのうち1つを一覧でダブルクリックすると5つ全部が選択されます）。選択された要素は一覧内でハイライト表示されます。

各レイヤーはレイヤー名のすぐ下にあるボタンを使って表示/非表示の設定とロックのオン・オフをコントロールできます。表示と非表示を切り替えることでレイヤーの要素をキャンバス上に表示または非表示にすることができます。またロックをオンにするとロックしたレイヤーが編集できなくなり、オフにすると編集ができるようになります。

新規

新規レイヤーボタンをクリックすると新しいレイヤーが追加されます。

レイヤーを削除ボタンをクリックすると現在選択されているレイヤーが削除されます（削除ボタンは複数のレイヤーがある場合にのみ使えます）。

レイヤーを複製ボタンをクリックすると現在選択されいてるレイヤーとレイヤー内の全ての要素がこのレイヤーにコピー貼り付けされます。

選択したレイヤーをその下のレイヤーと結合します。

スライダを使って選択されているレイヤーの透明度を調節します。