得意先からの入金処理はメイン画面左のサイドバーから入金処理をクリックするか、メイン画面のツールバーから入金をクリックして行います。入金処理画面上で、入金日を入力し、得意先または請求書番号を選択し未回収金額を表示します。入金額が未回収金額と異なる場合は、実際の入金額を入力すると得意先の残高がアップデートされます。次に入金方法を入力し、内部記録用に参照番号を入力します（任意）。入力後は記録のみをクリックすると入金が記録され、得意先の残高がアップデートされます。注意： Express Invoiceは得意先元帳で入金処理を行うシステムを取っており、請求書ごとの入金処理は行いません。こうした方法を取ることで、前払い金や請求書番号が特定されていない入金の処理を簡単に行うことができます。受領した入金は得意先のアカウント内で処理され、特定の請求書ごとには処理されませんが、入金と請求書の簡単な相互参照情報を入力することができます。相互参照はソフトウェアを更に使い易くするための任意の機能です。