MixPadのプロジェクトは1つまたは複数のトラックを使って作成します。音量やパン、再生コントロールなどは各トラックごとに独立したものが波形画面の左側に設けられています。

各トラックには数の上限なく音声クリップを挿入することができます。1つのファイルにミックスする前のそれぞれの音声のことを「音声クリップ」と呼びます。mp3ファイルを挿入したり、CDから音声をインポート、またはMixPadを使って音声を録音すると、選択されているトラックに「音声クリップ」として挿入されます。

音量やフェードなど必要な調整が済んだ後は、「プロジェクトを音声ファイルとしてエクスポート」をファイルメニューから選択し、保存するファイル形式を選択するだけで、作成したプロジェクトを.wavやmp3、gsmなど様々なファイル形式で簡単に出力することができます。また、ミキシングの完成前にプログラムを一旦終了する必要がある場合は、次回プログラムを開いた際に作業を再開できるようプロジェクトを保存することも可能です。