既存のトラック間に新規トラックを挿入する場合はCtrl-Tをクリック、「トラックを挿入」ボタンをクリック、メニューから「トラックを挿入」を選択のいずれかの方法で挿入することができます。
新規トラックを既存のトラック間に挿入する場合は、Ctrl+Insertを押します。もしくは、「トラック」タブで「トラックを挿入」ボタンをクリックします。
トラックを削除する場合は、削除するトラックを選択し、以下のキーを押します：Ctrl+Shift+Delete。または、プロジェクト画面右側にある「トラックを削除」ボタンをクリックするか、「トラック」メニューからトラックを削除を選択して行う事もできます。
トラックの選択は、上下の矢印ボタンを押してトラック間を移動するか、マウスで必要なトラックをクリックして行います。Page UP/Downボタンを押すと、それぞれ最初のトラックと最後のトラックへ移動します。Ctrl+Up/Down 現在選択されているトラックを上下に移動することができます。
複数のトラックに同時に録音を行う場合は、録音を行うそれぞれのトラックで録音ボタンを押します（各トラックの録音ボタンは、画面左側の領域にある、丸印が描かれたボタンです）。録音ボタンを押したトラックは、録音スタンバイ状態になります。必要なトラックを全て録音スタンバイ状態にした後、メイン画面の左下にあるメインの録音ボタン（赤い丸が描かれたボタン）をクリックすると録音が始まります。
MixPadの各トラックはそれぞれ個別に、出入力やデバイス、チャンネルなどの音声オプションを設定することができます。各トラックのオプションは音声オプションボタン（レンチが描かれたボタン）をクリックするか、トラックを選択した後「トラック」タブの「音声オプション」ボタンを押して設定を行います。トラックの設定は、そのトラックに読み込まれた（録音された）音声クリップすべてに適用されます。
各トラックの音声設定ボタン上にマウスのカーソルを置くと、音声設定内容が表示され、設定内容を素早く確認することができます。
MixPadのプロジェクト内の一部のトラックのみを聴く必要がある場合、例えばドラムの音は再生せず、ピアノの音だけを聴きたい場合などはミュートまたは単独再生の機能を使うことができます。ミュートボタン（Mの文字が書かれたボタン）が各トラックのコントロールパネル（画面左側の部分）にあります。このボタンを押すと、ボタンが押されたトラックの音声を消すことができます。ミュートボタンを押したトラックの音声は、プロジェクトの再生時に再生されなくなります。また、あるトラックだけを単独で再生することもできます。Sの文字が書かれたボタンを押すとプロジェクトの再生時に、このボタンが押されているトラックのみが再生されます。
複雑なミキシングを行う場合などに、大量のトラックを挿入する必要が生じることがあります。画面に収まりきらない程のトラックが挿入されている状態では、各トラックを確認する際に何度も画面をスクロールする必要が生じるため、こうした際はトラックをたたんでおくと余計なスクロールをせずに済みます。トラックをたたむ場合は、ツールバーの「トラックをたたむ」ボタンをクリックするか、画面左側のコントロールパネルのトラック名横にある三角形をクリックします。
各トラックのコントロールパネルにはパン用のスライダがあります。このスライダを使い、音声の出力を左チャンネルのみ、右チャンネルのみ、左右のチャンネルの中央からの3種類に設定することができます。パンのスライダを使ってトラックに行った調整は、個々のクリップに対して行ったパン指定のフェードポイントに対しても適用されます。
MixPadを使うと各トラックにライブエフェクトチェーンを構築することができます。ライブエフェクトチェーンとは、音声がエフェクトのレンダリングを行うのを待たずに、音声の再生中にすぐに使うことができる各種エフェクトのことです。エフェクトの挿入および編集を行うには、各トラックのコントロールパネルにあるFXと書かれたボタンをクリックします。選択したトラックに現在適用されているエフェクトの一覧が表示されます。「エフェクトを挿入」ボタンをクリックして新しいエフェクトをチェーンに挿入するか、既に挿入されているエフェクトを選択してエフェクトの調整を行います。エフェクトを削除する場合は削除するエフェクトを「エフェクト」と書かれている欄でハイライトし「エフェクトを削除」ボタンをクリックします。
各トラックは色分けすることができます。トラックを色分けすることで、多数のトラックが読み込まれている場合などに、必要なトラックがすぐに見分けることができます。色の指定を行うには、色を指定するトラックの波形を右クリックし トラックの色を選択します。色の設定ダイアログが表示されるので、希望の色を選択しOKをクリックするとトラックの色が指定した色に変わります。波形を見やすくするために、できるだけ濃い色を選ぶことをお勧めします。
クリップの再生中はデシベルのレベルを色で表示するメーターが動きます。デシベルは各トラックごとに表示され、各メーターには再生および録音音声のピーク（頂点）を表す赤い縦線が表示されています。デシベルメーターは再生や録音中の正確なデシベル音声を確認するのに役立ちます。また、赤い縦線が不要な場合は線をクリックしすると簡単に消すことができます。
ミキサー画面は全トラックのコントロールが縦に並んだフローティングウィンドウとして表示されます。メイン画面のコントロールパネルと同じ機能ですが、全てのトラックのコントロールをより使いやすくする便利な画面です。ミキサーボタンをホームタブでクリックして開きます。この画面では各トラックの音量およびマスター音量の両方の調整ができるほか、各トラックのパンやミュート、単独再生、色などの設定を行うことができます。
エクスプローラバーにはMixPadで良く使われる機能へのリンクが表示されます。エクスプローラバーの表示が不要な場合は、バーの右上にあるX印をクリックして閉じることができます。エクスプローラバーの表示/非表示の変更や表示場所の変更は、「画面表示」メニューから「エクスプローラバー」を選んでクリックします。