デフォルトでは高速GIF変換が選択されており最小サイズの GIFで保存を行いますが、この場合は透過の保存を行うことができません。
高速GIF変換からチェックを外すと保存したファイルのサイズは大きめになりますが、 画像に透過処理が施されていた場合は透過の保存が行われます。
画像の色をよりスムーズにブレンドするためには、ディザリングを使います。