Een PhotoPad-project bestaat uit een aantalLagen(zoals afbeeldingen, tekst en effecten). Er wordt een nieuw project gemaakt wanneer een afbeelding wordt geopend of wanneer een collage of panorama wordt gemaakt.
Meerdere projecten kunnen tegelijkertijd worden geopend in PhotoPad. Elk geopend project wordt bewaard in de miniatuurbrowser onderaan het scherm en kan worden geopend door op de miniatuurafbeelding van het project te klikken. Wanneer er voldoende projecten zijn geopend, verschijnt er een schuifbalk onder de miniaturen waarmee u naar links en rechts scrollen om alle geopende projecten te zien.