W WavePad, większość formatów można zapisać, aby mieć ustawienia okna dialogowe, gdzie można skonfigurować opcje dla określonego formatu. To okno dialogowe można wyświetlić tylko po przejściu do menu Plik -> Zapisz jako, a następnie określ format danych wyjściowych. W poniższych sekcjach wyszczególnia się zawartość różnych okien dialogowych ustawień dostępnych w programie WavePad.Formaty z konfigurowalnymi opcjami: