Ett PhotoPad-projekt består av ett antal lager (till exempel bilder, text och effekter). Ett nytt projekt skapas när en bild öppnas, eller ett kollage eller panorama skapas.
Flera projekt kan öppnas samtidigt i PhotoPad. Varje öppet projekt hålls i miniatyrläsaren längst ned på skärmen och kan öppnas genom att klicka på miniatyrbilden av projektet. När tillräckligt många projekt är öppna visas en rullist under miniatyrerna så att du kan rulla åt vänster och höger för att se alla öppna projekt.