非表示のレイヤーで行った変更は保存した画像には表示されません。画面に表示されている画像が保存される画像のイメージです。非表示のレイヤーで行った変更を、保存した画像に表示するには、保存を行う前に非表示のレイヤーの非表示設定を解除する必要があります。
ファイル名やフォーマットを変えて保存を行う場合は、「ファイル」メニューから「名前を付けて保存」を選択するか、画面を右クリックして「名前を付けて保存」を選択します。
プロジェクトを後から再度編集できる「プロジェクトファイル」として保存する場合は、名前を付けて保存を選択し、「ファイルの種類」のプルダウンメニューから PhotoPadプロジェクトを選択します。
更に詳しい設定を行う場合は「ファイル」メニューから「Web用に保存」を選択します。「Web用に保存」ダイアログが開き、保存する画像のプレビューが画面左側の領域に表示されます。画面右側の領域には選択したフォーマットで保存した場合の画像のイメージが表示されます。各領域よりも実際の画像が大きい場合は領域の大きさに合わせてサイズ変更の上表示されます。画像の上にマウスを置くと、その部分の実物大の画像が小さな画面内に表示されます。画像の確認が済んだらOKボタンをクリックすると、ファイル名とファイルの保存先を指定するためのダイアログが表示されます。
ファイルオプション プルダウンメニューを使って画像の保存フォーマット（JPEG、BMP、TIFF、GIF、PNG）を選択することができます。保存フォーマットを変更すると、プレビュー画面の画像と予想ファイルサイズがフォーマットに合わせてアップデートされます（画面右側）。予想ファイルサイズは、現在の設定で画像を保存した場合に作成されるファイルの大よそのサイズです。
フォーマットオプション 選択したフォーマットによっては、保存後のファイルの画質やサイズをコントロールするための詳細設定を行うことができるものもあります。
- JPEG
スライダを使って画質の設定を行います（数字が小さい程画質が低くファイルサイズが小さくなり、数字が大きい程画質が高くファイルサイズが大きくなります）。
- GIF
高速GIF変換とディザリングの2種類のオプションがあります。デフォルトでは高速GIF変換が選択されており、保存後の画像には自動的にディザリングが使われます。この方法で保存すると通常、最小サイズのGIFとして保存することができますが、透過の保存を行うことができません。高速GIF変換からチェックを外すと、ファイルのサイズがやや大きくなり、保存にかかる時間も長くなりますが、よりきれいな画像を作成することが可能になります。高速GIF変換変換にチェックが入っていない場合、ディザリングを使うことで、よりスムーズに色を混ぜ合わせ、色のグラデーションにより発生する縞模様を減らすことができる場合があります。
- BMP
このフォーマットには詳細設定はありません。
- PNGおよびTIFF
このフォーマットには詳細設定はありません。