Express BurnはWindowsのコマンドラインでの操作も可能です。どのオプションも使用および再使用が可能です。コマンドラインオプションを使用中はプロンプトは行われません。書き込み設定などのオプションは最後に使った設定がその後のデフォルトとなります。オプションは以下のとおりです：
-driveは書き込みを行うドライブの文字（例：d）を選択します。作成するISOイメージの場所を直接指定することもできます(例：c:\temp\image.iso)
-clearは現在のリストを消去します。対話はいつもこれを使って始めてください。
-type audioはコンピレーションを音声CD(CD-DA)に設定します。ファイルの前には必ずこれが必要です。
-type dataはコンピレーションをデータCDに設定します。ファイルの前には必ずこれが必要です。
-type dvdはコンピレーションをデータDVDに設定します。ファイルの前には必ずこれが必要です。
-type blurayはコンピレーションをデータブルーレイに設定します。ファイルの前には必ずこれが必要です。
-label labelはデータCD/DVDのボリュームラベルを設定します。音声CDには不要です。
-copies [n]はExpress Burnが書き込むディスクの枚数をn枚に設定します
-hideはExpress Burnを隠します
-showはExpress Burn画面を表示します。
-list「ListFilePath」ListFilePath は書き込みを行うファイルのリストを含むテキストファイルです。１行につき１つのファイルの場所。
-file「FilePath」Add the file to the current compilation/
「FilePath」 現在のコンピレーションにファイルを挿入します。（例： 対話が無い場合）
-burnファイルをCDに書き込みます（-exit以外の全ての対話はこの対話の前に処理されます）
-eraseは読み込まれている書き込み可能ディスクを消去します。
-isocreate「FilePath」以下の名前のISOイメージ：「FilePath」 をドライブに読み込んだディスクから作成します。
-isowrite「FilePath」以下のISOイメージ：「FilePath」 を書き込みドライブに書き込みます。
-normalize nnは音量正規化レベルを設定します (0～100で、0は正規化しないという意味)
-copy [d]は選択したドライブにあるディスクを出力ドライブdにコピーします
例:
"C:\Program Files\NCH Software\ExpressBurn.exe" -clear -type data -label "MyCD" -list "C:\MyDocuments\file.txt" -burn -exit
C:\MyDocuments\file.txtの全てのファイルをデータCDとして書き込み、Express Burnを終了する。
"C:\Program Files\NCH Software\ExpressBurn.exe" -clear -type audio "C:\SomeFolder\track1.wav" "C:\SomeFolder\track2.mp3" "C:\SomeFolder\track3.mp3" -burn
3トラックの音楽CDを作成する（トラック1は.wav、トラック2は.mp3、トラック3は.mp3）。ファイルは必要に応じて変換されます。Express Burnは書き込み終了後も実行を続けます。