PhotoPadのプロジェクトはいくつもの レイヤー(画像や文字、エフェクトなど)を重ねる形で作られます。画像を読み込んだ際、またコラージュやパノラマ写真を作成した際に新規プロジェクトが作成されます。
複数のプロジェクトをPhotoPadで同時に開くことも可能です。作成した(開いた)プロジェクトは全て画面下部にサムネイルとして表示され、このサムネイルをクリックするとプロジェクトを開くことができます。多数のプロジェクトを開くと、必要に応じて画面下部にスクロールバーが表示され、サムネイルの領域を左右にスクロールすることができるようになります。