WavePadプロジェクトには、現在開いている全てのファイルと領域の一覧が完全な32ビット音質で保存されます。大がかりな編集が必要な音声ファイルを途中で保存する必要がある場合などに、無損失で保存を行うことができるようデザインされています（音声ファイルを長期保存するためのものではありません）。