Un projet PhotoPad consiste en plusieurs calques (images, texte et effets). Vous créez un nouveau projet lorsque vous ouvrez une image, ou que vous créez un collage ou un panorama.
Vous pouvez ouvrir plusieurs projets en même temps dans PhotoPad. Chaque projet ouvert est conservé dans le navigateur de miniatures au bas de l'écran et peut être ouvert en cliquant sur l'image miniature du projet. Lorsque suffisamment de projets sont ouverts, une barre de défilement s'affiche sous les miniatures afin de permettre de faire défiler vers la gauche ou la droite, pour afficher tous les projets ouverts.