WavePadには数多くの音声効果や音声処理機能が搭載されています。こうした機能は通常、適用部分を選択した後、適用するエフェクトや機能を選択するという手順で適用します。
エフェクトの殆どは選択した領域にのみ適用することができます。 適用する領域を選択するには、波形画面をクリックし長押ししたままマウスをドラッグするか、Shiftキーを押しながらファイル内を移動します。ファイル全体を選択する場合はキーボードのCtrl+Aキーを押します。領域を選択せずにエフェクトを挿入した場合は波形画面全体にエフェクトが適用されるようデフォルト設定されています。
エフェクトは様々な数値を指定することでエフェクトの度合いなどを調節できるようになっていますが、エフェクトによってはこうした一連の数値をセットにしてまとめた「プリセット」と呼ばれるものを使うことができます。例えば「エコー」のエフェクトを使って音声にエコーをかける際は、エコーにかける時間やエコーのゲインなどの数値を設定して、どの程度のエコーをどのようにかけるか細かく指定することができますが、特にこうした数字にこだわる必要が無い場合は、「プリセット」から希望するエコーの状態に一番近いと思われる設定を選択することで、1つ1つの数値を設定する手間を省くことができます。「エコー」を例にとると、プリセットは居間、洞窟、渓谷から選ぶことができます。
一部のエフェクトは適用後の音声を「エフェクト」ダイアログ内の再生ボタンをクリックすることで試聴することができます。試聴中にエフェクトの設定を変更すると、変更に合わせた音声を聴くことができます。音声再生システムにASIOまたはDirectSoundをお使いいただくと、この機能がより正確に機能します。
複数のファイルに同一の処理を行う場合は一括処理機能を使うことができます（「ツール」メニューから「一括処理」を選択します）。処理を行うファイルの一覧を選択し、適用するエフェクト等を指定すると、選択したファイル全てに同一の処理が行われます。一括処理についての詳細は一括処理のページをご覧ください。